Die Version 0.54 wurde im Februar 1996 freigegeben und hatte große Bedeutung als erstes wirklich professionelles, freies Bildbearbeitungsprogramm. Es war das erste freie Programm, welches mit den großen kommerziellen Bildbearbeitungsprogrammen konkurieren konnte.

Die Version 0.54 war einen Betaversion, aber sie war bereits so stabil, dass sie für die tägliche Arbeit benutzt werden konnte. Allerdings bestand einer der großen Nachteile von 0.54 darin, dass Motif als Basis für die Oberfläche benutzt wurde. Motif ist ein kommerzielles Produkt und musste für Plattformen wie „Linux“ gekauft werden, wenn man das schnellere dynamisch gelinkte GIMP verwenden wollte. Viele Entwickler waren jedoch Studenten, die Linux verwendeten, aber sich die Lizenz für Motif nicht leisten konnten.

Die Version 0.60 wurde im Juli 1996 veröffentlicht und war durch Spencer und Peter vier Monate weiterentwickelt worden. Die bedeutendsten Fortschritte waren ein neues Toolkit namens GTK (GIMP-Toolkit) und gdk (GIMP-Drawing-Toolkit), mit denen die Abhängigkeit von Motif aufgehoben wurde. Für die Grafikkünstler war diese Version voll von neuen Funktionen wie Ebenen, verbesserten Malwerkzeugen mit Subpixelgenauigkeit, einer verbesserten Sprühpistole (Airbrush), Malmodi und vielen mehr.

Die Version 0.60 war eine reine Entwicklerversion und nicht für die Allgemeinheit bestimmt. Sie diente als Grundlage für die Versionen 0.99 und 1.0 zum Test von Funktionen, die gelegentlich auch wieder verworfen oder geändert wurden. Man könnte die Version 0.60 auch als Alphaversion der Version 0.99 betrachten.

Die Version 0.99 erblickte im Februar 1997, also gerade einmal ein Jahr nach der allerersten Version 0.54 das Licht der Welt. Zusammen mit anderen Entwicklern hatten Spencer and Peter verschiedene Änderungen vorgenommen und sogar weitere neue Funktionen hinzugefügt. Die bedeutendsten Neuerungen waren ein neues API (eine Programmierschnittstelle) und die „PDB“ (Prozedurendatenbank), welche es ermöglichten, GIMP mittels einfacher Skripte zu erweitern. Mit Skript-Fu konnten nun Abläufe automatisiert werden, die bis dahin manuell ausgeführt werden mussten. GTK und gdk wurden ebenfalls überarbeitet und nun GTK+ genannt. Zusätzlich verwendete die Version 0.99 eine neue, kachelbasierte Speicherverwaltung, mit welcher das Laden von 100MB Bilddateien kein Problem mehr darstellte. Außerdem wurde mit dieser Version das GIMP-eigene Dateiformat .xcf eingeführt.

Die neue Programmierschnittstelle machte die Erstellung von Erweiterungen sehr einfach. Verschiedene neue Erweiterungen fanden ihren Weg in GIMP, darunter einige sehr wichtige wie SANE (SANE erlaubt es, Bilder direkt in GIMP zu scannen).

Im Sommer 1997 erreichte GIMP die Version 0.99.10, und Spencer und Peter sahen sich gezwungen, ihre Unterstützung für das Projekt sehr einzuschränken, da Sie das Studium beendet und ihren ersten Job angetreten hatten. Trotzdem setzten die anderen Entwickler unter der Leitung von Federico Mena ihre Arbeit an GIMP fort.

Im September 1997 wurde das GTK+ aus dem GIMP-Projekt herausgelöst und separat fortgeführt. GTK+ wurde bereits zu dieser Zeit als hervorragendes Toolkit wahrgenommen, und andere Entwickler verwendeten es zur Entwicklung eigener Anwendungen.

Im Oktober 1997 wurden die Funktionen von GIMP festgeschrieben, das heißt, die ganze Aufmerksamkeit der Entwickler lag auf der Beseitigung von Fehlern. Es wurden keine neuen Funktionen zu den GIMP-Bibliotheken und dem Programm selbst mehr hinzugefügt. GUM (GIMP Users Manual) 0.5 wurde ebenfalls im frühen Oktober 1997 veröffentlicht. Die Entwicklungsarbeiten an GIMP wurden mit dem Ziel fortgesetzt eine stabile Version 1.0 veröffentlichen zu können.