L'autenticació de dos factors es pot utilitzar per a afegir una capa extra de seguretat a un compte de Webmin, a més a més dels habituals nom d'usuari i contrasenya. Quan s'activa, els usuaris hauran de donar un testimoni d'autenticació extra que típicament prové d'una aplicació smartphone, un generador OTP de maquinari o un SMS.

Aquesta pàgina permet seleccionar un proveïdor d'autenticació per als usuaris Webmin del sistema. Un cop activat, cada usuari podrà ser assignat amb dos factors al mòdul d'Usuaris de Webmin. Els proveïdors disponibles són:

Authy
  Aquest és un servei comercial que proporciona una aplicació smartphone i un lloc web per a gestionar els usuaris de dos factors. Cada usuari ha de crear un compte al lloc web d'Authy i enllaçar-lo al seu smartphone.

Google Authenticator
  Aquesta és una aplicació app que implementa el protocol estàmdard TOPT. Cada usuari ha d'escanejar un codi QR utilitzant l'aplicació per enllaçar els seus testimonis a,b el servidor Webmin.